A estréia do Esporte Clube Vitória na Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2009 será contra o Fortaleza, no dia 4 de janeiro, no Estádio Vereador José Ferez (Taboão da Serra). O rubro negro baiano está no Grupo F, que tem como adversários o Rio Preto EC de São Paulo e o Clube Atlético Taboão da Serra, além do Fortaleza.

A primeira rodada está marcada para os dias 3, 4 e 5 de janeiro, e a competição vai durar por 23 dias até a grande final, dia 25, aniversário da cidade de São Paulo.

A fórmula de disputa de disputa é a mesma de 2008: na primeira fase, os 88 clubes divididos em 22 grupos com quatro times cada, sendo que cada uma das chaves está sediada em uma cidade diferente.

Classificam-se para a segunda fase os vencedores de cada grupo, mais os dez melhores segundos colocados por índice técnico, totalizando 32 equipes. A partir daí, as equipes são emparelhadas em duplas, e o sistema é de eliminatórias simples, semelhante à Copa do Mundo, em que não há jogo de volta.

A última rodada da primeira fase acontecerá nos dias 10 e 11 de janeiro, e os jogos das fases posteriores terão as seguintes datas: no dia 14, a segunda fase; no dia 18, as oitavas-de-final; no dia 20, as quartas-de-final; no dia 22, as semifinais; por último, a final no dia 25.